目前国内在再生水消毒可供选择的消毒方式有液氯、二氧化氯、臭氧和紫外线消毒等，由于二氧化氯制备、存储比较麻烦，也比较危险，而臭氧则成本比较高，因此这两种消毒方式在再生水消毒工程中没有得到广泛运用。

1.液氯消毒
液氯消毒是国内外主要的消毒技术, 也是历较早采用的消毒技术。直到今天 , 液氯消毒仍因其投资省、运行成本低、设计和运行管理方便而广受青睐。但由于两方面的原因使人们对氯消毒产生疑虑。一方面是, 发现氯与水中有机物反应产生大量氯代消毒副产物，自70年代发现氯消毒产生的消毒副产物对人体健康有较为不利影响后，对氯化消毒副产物的研究己经成为消毒研究中的一个重要领域。越来越多的消毒副产物, 如三卤甲烷、卤乙酸、 卤代睛、卤代醛等在消毒过程中被发现。三卤甲烷和卤乙酸由于其强致癌性已成为控制的主要目标, 而且也分别代表了挥发性和非挥发性的两类消毒副产物。另一方面, 水中不断发现新型的抗氯致病性微生物, 如兰伯氏贾第虫、 隐抱子虫。这些致病性微生物对氯有较强的抵抗作用, 而且会直接导致人群大面积获传染性疾病，因此,需要采用很高的消毒剂量或是新型的消毒技术才能有效控制。

2.紫外线消毒
紫外线消毒机理是利用波长254nm及其附近波长的紫外线杀菌，阻止蛋白质合成，而使细菌不能繁殖。由于紫外线对隐抱子虫的杀灭作用好并且不产生消毒副产物，不会造成二次污染问题。
对隐孢子虫卵囊有效消毒作用不产生有毒、有害副产物能降低嗅、异味以及降解微量有机污染物，占地面积小、消毒效果受水温、PH影响小。缺点有消毒效果受水中SS和浊度影响较大 没有持续消毒效果、管壁易结垢降低消毒效果，存在光复活、暗复活现象。