紫外线消毒器的杀菌原理是利用紫外线对细菌、病毒等微生物的灭活特性，所以紫外线消毒器的灭菌速度和微生物在紫外线照射下的存活时间相关，同时也和紫外线的剂量有关。

紫外线消毒器的杀菌速率高，在30mJ/cm2的剂量下，一般2-3秒钟内即可杀灭各类病毒、细菌，即水流从紫外线消毒器的进水口到出水口这段时间内即可完成消毒杀菌，an全、效率高。而传统的氯剂杀菌消毒则需要反应池，并且等到氯剂充分渗透发生反应后才能杀灭细菌病毒，时间比较长，以小时来计。

紫外线杀菌速度还和紫外线剂量有关，剂量高则速度快一些，反之则慢一些。各国对紫外线消毒器的紫外线剂量定制的标准也不一样，大多数标准是20-40mJ/cm2这个范围，而我国紫外线消毒器的常用剂量时30mJ/cm2，剂量标准是根据杀菌研究报告、杀菌速度以及经济成本等因素综合考虑的。